أولا :التعاون المحلى

1-             بروتوكول تعاون:

بروتوكول تعاون مع وزارة الاتصالات ويهدف إلي ربط المعامل المركزية و الفرعية عن طريق خطوط الربط و تطبيق قاعدة بيانات الكترونية تسهل حفظ واسترجاع جميع الوثائق وعمل خريطة إلكترونية باستخدام GIS  للأمراض الوبائية والمعدية لدعم اتخاذ القرار والتنبوء بالأمراض بناء علي البيانات الوبائية

 بروتكول تعاون بين المعهد و بعض شركات المنتجات الغذائية لفحص سلامة وصلاحية الاغذية ومطابقتها للمواصفات المحلية والدولية وكذلك اعداد تلك المنشأت للتوافق مع متطلبات الHACCP والشروط الصحية العالمية

بروتوكول التعاون الموقع بين الهيئة العامة للخدمات البيطرية والمعاهد البحثية وكليات الطب البيطري من خلال رسم خريطة وبائية للأمراض المسجلة في مصر وكذلك افادة الهيئة العامة للخدمات البيطرية بنتائج الأبحاث العلمية التي تثبت وجود مسببات مرضية لم يسبق تسجيلها في مصر

 بروتوكول تعاون بين الهيئة العامة للخدمات البيطرية ومعهد بحوث الصحة الحيوانية في الدراسة الحقلية والمتابعة للوقاية من الامراض الوبائية في بعض مزارع الحيوانات الكبيرة.

 مذكرة تفاهم بين جامعة قناة السويس وكلية الطب البيطري ومعهد بحوث الصحة الحيوانية في مجالات التعليم والتدريب والبحوث والمشروعات العلمية في السلامة البيولوجية وتهدف إلي تدعيم وسائل الربط والتكامل والتعاون فيما بينهما في جميع مجالات علوم وتطبيقات السلامة البيولوجية وما يستجد في هذا المجال

بروتوكول تعاون بين الهيئة الزراعية المصرية ومعهد بحوث الصحة الحيوانية ويهدف إلي الارتقاء بمستوي تربية الخيول العربية وتعاون اطرافه فيما بينهما لاجراء اختبار البصمة الوراثية واختبار النسب بوحدة بحوث الجينوم والمعتمدة لهذا الغرض بمعهد بحوث الصحة الحيوانية .

 2-             مشاريع قومية:

 المشروع القومى لتنمية وإنتاج الألبان وكذلك مشروعي تطوير واحة سيوة والوادي الجديد بالتعاون مع المعاهد والمعامل المركزية بمركز البحوث الزراعية

 مشروع المناطق المعزولة لفيروس انفلونزا الطيور شديد الضراوة بالتعاون مع الهيئة العامة للخدمات البيطرية والاتحاد العام لمنتجى الدواجن.

 ثانيا -التعاون الدولى

اتفاقية التبادل العلمي مع معهد هاربين للابحاث البيطرية في الصين

 مشاريع التوأمة مع المعامل المرجعية الدولية منها مشروع مرض الحمي القلاعية مع أمريكا ومشروع أنفلونزا الطيور والنيوكاسيل مع المعمل المرجعى FLI  بألمانيا.

بروتوكول التعاون بين معهد بحوث الصحة الحيوانيه ومختبر المحجر الصحي الاقليمي والمختبر الوطني البيطري بإدارة الثروة الحيوانية بجمهورية جيبوتي

 التعاون مع مركز مكافحة الامراض والوقاية الامريكى (CDC) وذلك من خلال ابرام بروتوكول بحثى لدراسة وبائيات مرض الحمى المجهولة

عضوية المعهد كشريك في شبكة مختبرات علم الفيروسات الحيوانية بفرنسا  MediLab Secure Network   والتي تضم 19 دولة بالتعاون مع معهد باستير بفرنسا  

إبرام مشروع بحثى مدعم من منظمة الأغذية والزراعة بالأمم المتحدة  (الفاو) فى مجال التقصى والسيطره على مرضى انفلونزا الطيور والميرس كورونا.

 ربط المعهد بالشبكة الدولية للمعامل المرجعية من خلال اجتياز الكفاءة السنوية والتى تتم تحت اشراف المنظمة العالمية لصحة الحيوان OIE

مساهمة المعهد فى تيسير حركة الخيول العربية داخل مصر أو تصديرها الى الخارج وذلك من خلال اجراء اختبار التنسيب فى الخيول والذى تم اعتماده بالمعهد بعد اجراء اختبارات الكفاءة مع المعامل المرجعية الدولية

التعاون مع معامل سانديا الوطنية الامريكية للامان الحيوي لإعداد كتيب عن الخطوات القياسية لاجراء التجارب المعملية (SOPs)

تنظيم دورات تدريبيه وورش العمل وندوات ارشادية والتي من خلالها يتم تنمية المهارات الفردية ورفع الكفاءات العلمية والمعملية والبحثية والتطبيقية للمتدربين فى مجالات متعددة (من خارج وداخل المعهد) وأيضاً من الدول العربية والأفريقية على طرق التشخيص المختلفة باستخدام التقنيات الحديثة كالبيولوجيا الجزيئية وغيرهاوالقيام بالدور الارشادي بالمحافظات للتعريف بتطبيق متطلبات الآمان الحيوي بالمزارع وكيفية مواجهه الامراض الوبائية والمعدية.

تنظيم برامج تدريبية بالتعاون مع المنظمة العربية للتنمية الزراعية علي رأس العمل في مجال التشخيص المخبري المتقدم لمرض ( الحمى القلاعية – حمى الوادى المتصدع – البروسيلا ) .

تنظيم دورات تدريبية بالمعهد واستقبال كوادر علمية افريقية بالتعاون مع الاتحاد الافريقي (AU- IBAR) .

تمثيل المعهد بنقاط اتصال للمؤسسات الدوليه كمنظمة الفاو وشبكة المختبرات الفيروسية MediLab Secure Network