تتمثل أهداف المعهد طبقاً لقرار الجهاز المركزي للتنظيم والإدارة رقم 112 لسنة 1986 في الآتي :
- إجراء البحوث والدراسات العلمية والتطبيقية والتشخيصية والمعملية لأمراض الحيوان والدواجن والأسماك .
- الكشف عن الأمراض الوافدة وهي الأمراض التى لم يسبق تسجيلها من قبل داخل جمهورية مصر العربية وإيجاد طرق تشخيصية سريعة , وحديثة تتفق مع المعايير الدولية التي حددتها المنظمة العالمية للصحة العالمية بباريس .
- تطوير وسائل التشخيص المعملى .
- عمل الاستبيانات عن مدى انتشار الأمراض البكتيرية والفيروسية والطفيلية والميكوبلازما وغيرها.
- حماية الثروة الحيوانية من الأمراض الوبائية والمعدية الوافدة.
- حماية الصحة العامة وصحة الإنسان من مخاطر الأمراض المشتركة.
- التأكد من سلامة الأغذية ذات الأصل الحيواني.
- حماية البيئة من التلوث بمسببات الأمراض.
- إجراء البحوث والدراسات الخاصة بتطوير وتحسين لقاحات الأمراض الفيروسية والبكتيرية والمواد المشخصة للأمراض لرفع الكفاءة بما يمكن من زيادة قوة وفاعلية هذه المستحضرات واستخدام ما يلزم من لقاحات .
- القيام بتدريب العاملين في مجال تنمية الثروة الحيوانية.
- الإرشاد والتوعية للحفاظ علي الثروة الحيوانية و صحة المواطنين.
- التعاون مع الجهات البيطرية داخل الجمهورية لوضع خطط لتقصي بعض الامراض المؤثرة على الاقتصاد القومي.
